行政机关主管模式是指注册南京公司等商事登记由行政管理部门主管。目前多数英美法系国家，如英国、美国、澳大利亚、新西及我国香港地区等登记机构的设置都采取此种模式。此外，大陆法系中的西班牙、我国台湾地区等也由行政部门来主管注册南京公司等商事登记。但因不同国家和地区行政管理体制的差异，其行政机关主管模式也各具特色。
在美国，负责公司、合伙等商主体登记注册的机构都设在州政府，为州务卿办公室，州务卿是注册南京公司等商事登记责任人员。“英国的公司登记关是成立于1844年的公司署（北爱尔兰公司的登记由北爱尔兰自治府的经济发展部负责），隶属于政府贸工部，总部设于威尔士首府卡夫，下设伦敦和爱丁堡两个分部。”[1）公司署的主要职能为：负责办公司的设立、变更及撤销登记，此外，还可为采用公司制组织形式的E营利性机构办理公司登记；负责记录有关公司破产、抵押、担保等重大事项；督促所登记的公司履行登记、报告、备案等法定义务并整理归档，接受公司年度报告、财务报告等申报文件；为公众提供公司信息。1991年英国政府机构改革之后，政府不再向公司署核拨行政经费，经政府服务机构。澳大利亚、新西兰乃我围吞潦抽陵箠受英国登记制度的影响，遵循英美法系形成的历史渊源，也普遍采取行政机关主管模式。澳大利亚、新西兰的公司注册由中央政府负责。澳大利亚公司登记机关为证券与投资委员会，隶属于联邦财政部，总部分别设在墨尔本和悉尼，各个州设有办事机构O(2)而合伙企业与独资企业则由各州和地方政府负责。新西兰公司注册机关为公司注册署，隶属于经济发展部，总部设于奥克兰，在惠灵顿和克莱斯特彻奇分别设立两个办事处，合伙企业和独资企业则由各地的税务部门登记注册。[3）
大陆法系中也有部分国家或地区采取行政机关模式设置登记机构。如我国台湾地区一般商业登记由县（市）政府主管，而公司登记则由中央经济部主管。我国大陆地区的注册南京公司等商事登记也采取行政机关管理模式，登记机关为国家工商管理总局和地方各级工商行政管理局。
在采取行政机关主管模式的国家，登记行政机构的性质都为行政关，登记人员为公务员编制。除英国及我国香港地区[4）外，其工作经费都由国家财政拨款。这些国家通常由专业人员负责注册南京公司等商事登记，并实行登记人员的个人责任制。英国、澳大利亚和我国香港地区都采取的是公司注册官制度。美国由州务卿专门负责公司登记事务，采取个人负责制，但为其配备一定的辅助人员。