一般认为，实质审查方式下注册南京公司等商事登记的公信力程度往往会高于形式审查与折中审查，因其审查要求最严格，通过行政机关对登记事项进形式与实质的全面审查。即实质审查经过了形式审查与实质审查两个阶段：前一阶段主要是受理阶段，审查申请材料是否齐全、是否符合法定形式，后一阶段主要是决定阶段，审查、核实申请材料的实质内容是否真实、合法、有效等。实质审查方式的具体审查方法不仅包括书面审查方法，还表现为听取申请人或利害关系人意见、实地核查、当面询、当场核实印章或签字、对真实性有疑问的申请材料进行司法鉴定、举行听证、召开专家论证会、对重大、复杂登记事项采取负责人集体讨论决定等。登记机关若未履行法定实质审查义务，需承担相应法定责任。因此，一般认为，在不同的登记审查方式中，实质审查最能体现出注册南京公司等商事登记的公信力效力，更有利于保障注册南京公司等商事登记信息的真实、合法，有利于对商主体市场准人和经营活动的监控，从而有利于交易的安全。
然而，实质审查模式是否能切实保障登记的公信力？其与交易安全之间是否存在必然联系？有观点认为，只有采取实质审查方可保障登记公信力。南京注册公司代理机构认为，其有失偏颇，理由如下：
首先，即使是所谓的实质审查甚或是更严格的审查方式也不能完全保障交易安全。得出“实质审查方式下注册南京公司等商事登记的公信力程度较高”这一结论的前提是登记机关确实履行了实质审查的义务与责任，如果这种审查流于形式，则不能保证登记事项的真实性与有效性，反而导致登记公信力大大削弱，登记机关的威信随之降低，社会信用等会遭受不良影响。我国注册南京公司等商事登记最初一直实行全面审查原则，但实际操并不全面、规范，虚假、不实登记情况严重，社会整体信用低下。
其次，即使通过实质审查，达到了维护市场安全一定的效果，但由于审查方式主要体现在商主体设立阶段，其只是一个市场准人的控制，当商主体进入市场后如何保障交易安全仍然没有得到解决，毕竟任何家都不可能对每项交易活动及每个交易环节都进行严格控制。也就是说，商主体进入市场的审查阶段，登记机关通过审查对交易安全的保障所实现的只能是一种静态交易安全，这种安全保障只能体现为设立时刻的商主体的信用状况，与保障整个交易安全还有很大的距离。此卜，交易安全的保障并不仅仅局限于实质审查这样一种行政审查方法，其还可通过登记的私法效果、健全社会信用制度等途径来实现。登记公信力的私法效果体现在一旦有不实登记情况，善意第三人可选择不申请主体发生交易，或者追究该申请登记主体的法律责任，从而达到实现交易主体问相互监督的目的。与公权力监督相比，交易主体之间的监督更具主体积极性，其效果值得期待。由此可见，实质审查与安全之间并不存在必然联系，把安全寄托于登记机关的实质审查不仅依据足，而且也不现实的。究其根源在于计划经济体制下行政管理思维的惯性使然。
最后，在实质审查背后承载着巨大的制度成本，甚至以牺牲注册南京公司等商事登记的效率为代价，这又与公信力产生的效率价值相悖。实质审查的制度成本要远远高于形式审查与折中审查，因为其不但要审查申请人的请文件是否齐全、形式上是否合法，而且还要对登记申请事项的真实负责。而对于真实性审查需要投入大量的人力、财力与物力，所需成相对较高，这种高成本限制了实行该审查方式的现实性，从而有损交的效率。此外，实质审查原则还可能为权力“寻租”提供“温床”。从前各国的实践看，真正实行实质审查的国家并不多。